深圳通的扣费方式主要有以下几种：
普通卡扣费
租用版普通卡：每月租金0.5元，从押金中扣除，租期超过50个月后不再收取租金。退卡时，租卡6个月以内退卡收取3元手续费，超过6个月免收手续费。
销售版普通卡：每张卡25元工本费。
手机深圳通扣费
需要手机支持深圳通功能，并确保手机服务密码正确。用户需预存100元话费，并在使用时根据提示进行操作，扣费过程与深圳通实体卡相同。
深圳通卡规则
乘坐公交时，上车刷卡不扣费，下车刷卡扣费。下车时卡内余额必须大于等于本次最低票价，否则余额扣至0元，乘客充值后可继续使用。
乘坐地铁时，深圳通卡同样享受折扣优惠，具体折扣规则为9.5折。
二维码扣费
使用深圳通乘车码时，上车扫码不扣费，下车扫码扣费。车费将通过绑定的支付渠道自动扣除，扣款成功后会收到微信推送通知。
异常情况处理
若因系统异常未能及时扣款，系统将在后续进行补扣。如对扣费有异议，可在扣费后5日内联系客服。
建议：
使用深圳通卡乘坐公交和地铁时，请确保卡内余额充足，以便顺利扣费。
若使用手机深圳通，请确保手机电量充足并开启相关支付功能，以便在下车时及时扣费。
若遇到扣费异常，及时联系客服处理，确保权益不受影响。