股东辞职后，其持有的股份处理方式主要取决于公司章程或股东协议中的约定。以下是几种可能的情况：
股东身份及股权不受影响
股东辞职只是终止了作为员工的雇佣关系，并不自动导致股东身份和所持有的股权消失或失效。因此，股东仍然保留其股东身份，并享有相应的权利，如分红、增值和表决权等。
股权转让
如果股东希望退出公司，可以选择将其股权转让给其他股东或股东以外的人。股权转让需遵循《中华人民共和国公司法》的相关规定，包括股东之间的相互转让以及向股东以外的人转让股权需经其他股东过半数同意等。
公司回购
有些公司章程可能规定，员工离职时必须退股，或者离职股东持有的股份应当转让给公司进行定价回购。这种情况下，离职股东应按照公司章程的规定进行股权转让或回购。
优先购买权
在股东向股东以外的人转让股权时，其他股东在同等条件下享有优先购买权。如果其他股东在接到书面通知后三十日内未答复，则视为同意转让。若半数以上股东不同意转让，则不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。在同等条件下，其他股东有优先购买权。如有两个以上股东主张行使优先购买权，应协商确定各自的购买比例；协商不成时，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。
特殊情况
如果公司章程或股东协议中有其他特别约定，例如规定员工离职时必须退股或转让股权，则应按照约定处理。这种情况下，股东离职后可能需要按照约定进行股权转让或回购。
建议：
股东在辞职前应仔细查阅公司章程或股东协议，了解有关股权处理的条款，以便做出合适的选择。如果股东希望退出公司，建议尽早与其他股东沟通，了解他们的意愿和接受条件，以确保股权转让过程顺利进行。